Warren a été rappelé à Washington fin 2008 avant d’être suspendu par la CIA en mars 2009 et devait répondre aux enquêteurs du Diplomatic Security Service dépendant du Département d’Etat US. Warren a été ensuite inculpé pour agression sexuelle concernant des faits survenus alors qu’il était en poste, avait annoncé début juillet 2009 le ministère de la Justice américain.

Les informations concernant cette affaire sont principalement issues d’une déclaration (affidavit) déposée, en octobre 2008 dans une cour fédérale du District de Columbia dont dépend la capitale fédérale, par des enquêteurs des services de sécurité du Département d’Etat. Selon ce document, les deux Algériennes, vivant l’une en Espagne et l’autre en Allemagne, rapportent avoir été violées après avoir bu un Apple Martini servi par le responsable de la CIA chez lui à Alger. De son côté, l’agent secret Warren a soutenu que les présumées victimes étaient consentantes. Une fouille effectuée à la résidence algéroise de Warren a permis de mettre la main sur du Xanax et du Valium, deux médicaments qui, de l’avis des experts en toxicologie, sont « couramment utilisés pour faciliter des agressions sexuelles ».

Un manuel sur les enquêtes en matière d’agressions sexuelles a aussi été saisi. Lors de l’interrogatoire que lui ont fait subir des enquêteurs du département d’Etat à Washington, l’agent de la CIA a volontairement remis son téléphone cellulaire et sa caméra numérique aux autorités, mais a refusé de remettre son ordinateur personnel. Selon le Washington Post de mardi, les enquêteurs ont finalement réussi à obliger Warren à leur remettre son ordinateur portable et y ont découvert des photos « pornographiques d’enfants ». La date précise du procès sera prochainement annoncée.